Desa Wotan sudah ada sebelum Sumpah Pemuda dibuat yang menjadi cikal bakal bahasa persatuan Bahasa Indonesia. Konon banyak yang mengatakan WOTAN berasal dari kata "wot-wot-an" yang dalam Bahasa Indonesia diartikan banyak jembatan.
Desa wotan sendiri dihimpit dua sungai besar yaitu sungai Jeraton dan Kalitos dan dikelilingi sungai-sungai kecil yang menjadi pembatas antar dukuh. Sungai-sungai tersebut juga menjadi asal muasal kata wotan dari wot-wot-an menjadi WOTAN.
Sungai-sungai menjadi bagian dari sejarah Wotan karena dahulunya orang-orang luar maupun dalam desa Wotan melakukan perdagangan yang harus melewati sungai maka dibuatlah wot-wot atau jembatan dari bambu untuk melintas. Waktu itu jembatan dibuat sangat sederhana yaitu hanya satu bambu diletakkan melintang jembatan kemudian dibuatkan pegangan untuk menyeberangi sungai. Karena terbuat dari sebuah bambu maka wot-wot tersebut hanya dapat dilalui satu arah dan tidak dapat dipakai bersimpangan.
Pada ahirnya dibuatlah banyak wot atau jembatan untuk mempermudah lalulintas dari daerah satu ke daerah yg lain. Sangking banyaknya jembatan kemudian orang-orang menyebutnya daerah wot-wot-an dan jadilah WOTAN.
Secara geografis, saat ini Desa Wotan diapit oleh empat desa yaitu sebelah selatan Desa Kedung Winong, sebelah barat Desa Baleadi dan Kabupaten Kudus, sebelah utara Kabupaten Kudus, dan sebelah timur terdapat Desa Baturejo.
